首先，手术增加产妇大出血和感染的可能性，产后出现各种并发症的可能性是自然分娩的10～40倍，疼痛和恢复时间也较长。剖腹产创伤面大，产妇易患羊水栓塞，羊水进入血液导致产妇生命威胁，它是近年产妇一大死因，也给日后再孕带来了难度，即便3年后再次怀孕，子宫也容易破裂。由于手术后需要禁食，明显影响母乳喂养，这给刚脱离母体的婴儿的免疫力十分不利，一旦婴儿有先天缺陷则更容易死亡。从新生儿角度来看，剖腹产带来的不良影响也不小。由于孩子未经产道挤压，有三分之一的胎肺液不能排出，出生后有的不能自主呼吸，即患上所谓的“湿肺”，容易发生新生儿窒息、肺透明膜等并发症。
同时，剖腹产也可能因未真正达到胎儿成熟而造成医源性早产，引发一系列早产儿并发症，如颅内出血、视网膜病或残废甚至死亡。
另外，一些医生进行手术时操作不慎，伤害产妇和胎儿的事件也举不胜举。据一所医院的统计资料：1995年至1999年剖腹产儿的死亡率为10%，是同期自然产儿死亡率的2倍多。再次，剖腹产费用和保养费用都昂贵，是自然产的3--4倍。
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